Uno de los fenómenos más notables de la colonización española fue el mestizaje, debido casi exclusivamente a las relaciones sexuales que mantuvieron los varones españoles con las mujeres indígenas (es poco habitual en el periodo colonial las relaciones de españolas con varones indígenas).
Debido a la escasa cantidad de españoles en América, que no habría alcanzado al 1% de la población total, y teniendo también en cuenta que las mujeres españolas siempre fueron escasas en América y que los sacerdotes en general no mantenían relaciones sexuales con las indígenas, los conquistadores y colonizadores españoles mantuvieron relaciones sexuales simultáneas con muchas mujeres indígenas para engendrar la cantidad de mestizos que se presentaron en Hispanoamérica. En algunos casos, como en Paraguay existen constancias de que llegaron a procrear diez o veinte mestizos cada uno.Fray Bernardo de Armenta relató que en 1544, un centenar de españoles ya habían procreado «600 criaturas de que los cristianos han habido en las indias».
Al respecto se ha abierto un debate sobre las características de esas relaciones sexuales. Tradicionalmente las fuentes españolas han sostenido que las indias y las africanas buscaban voluntariamente tener relaciones sexuales con los españoles. El ejemplo clásico es el de la Malinche, la amante maya de Hernán Cortés, con quien incluso tuvo un hijo, Martín Cortés, que no hay que confundir con su hijo legítimo del mismo nombre. Otras fuentes han sostenido que en la mayoría de los casos se trató de simples violaciones.